คณะกรรมการกองทุน ซึ่งมีนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน เป็นผู้ที่ให้ความเห็นชอบหลักเกณฑ์และวิธีการจัดสรรเงินจากกองทุน สสส. เพื่อการสนับสนุนโครงการและกิจกรรม จากนั้น สำนักงานฯ จะรับมติมาปฏิบัติโดยทำอย่างชัดเจนรัดกุม และมีประสิทธิภาพ มีความโปร่งใสต่อการตรวจสอบ
ทั้งนี้ การสนับสนุนเงินจากกองทุนฯ ให้แก่แผนงาน/โครงการสร้างเสริมสุขภาพ แบ่งออกเป็น 2 แนวทาง ได้แก่
- การสนับสนุนเชิงรับ สสส. เปิดรับข้อเสนอโครงการสร้างเสริมสุขภาพจากทั่วประเทศ ปีละ 3 รอบ โดยมีคณะกรรมการแผนงานโครงการเปิดรับทั่วไปและนวัตกรรม เป็นผู้กำหนดหลักเกณฑ์การพิจารณาสนับสนุนทุน
- การสนับสนุนเชิงรุก สสส. กำหนดประเด็นและเป้าหมายความเปลี่ยนแปลงที่ต้องการให้เกิดขึ้น และดำเนินการเลือกสรรกลั่นกรององค์กรที่มีศักยภาพในการพัฒนาและดำเนินแผนงาน/โครงการที่จะนำไปสู่เป้าหมายดังกล่าวเป็นผู้รับทุนสนับสนุนและดำเนินการ โดยมีระบบการติดตามประเมินผลงาน และการตรวจสอบด้านการเงินกำกับดูแลให้เกิดการดำเนินงานที่มีประสิทธิภาพและโปร่งใส
ทั้งนี้ กระบวนการดำเนินงานเพื่อกำหนดหลักเกณฑ์และการจัดสรรทุนของ สสส. สรุปได้เป็น 5 ขั้นตอนหลัก ดังนี้
