คณะกรรมการกองทุน มีบทบาทควบคุมดูแลการดำเนินกิจการกองทุนในระดับนโยบายและกำหนดงบประมาณในภาพรวม รวมทั้งออกกฎระเบียบข้อบังคับที่สำคัญในการดำเนินงาน
คณะอนุกรรมการ ซึ่งคณะกรรมการกองทุนแต่งตั้งขึ้นเพื่อมอบหมายงาน ได้แก่
ดำเนินการโดย คณะกรรมการประเมินผล ซึ่ง พ.ร.บ.กองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ พ.ศ. 2544 มาตรา 38 ให้มีอำนาจหน้าที่ประเมินผลด้านโยบายและการกำหนดกิจการของกองทุน ติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของกองทุน รายงานผลพร้อมข้อเสนอแนะต่อคณะกรรมการ
ด้วยเหตุนี้ คณะกรรมการประเมินผลจึงมีความอิสระจากคณะกรรมการกองทุนฯ มีบทบาทในการ ประเมินผลการดำเนินงานของกองทุนในภาพรวม ทั้งด้านนโยบาย ด้านผลกระทบต่อสังคม และด้านการบริหารจัดการ อันจะเป็นหลักประกันความรับผิดชอบของ สสส.ต่อสาธารณะ (public accountability)
ดำเนินการโดย สำนักงาน ประกอบด้วย
ผู้อำนวยการสำนัก และเจ้าหน้าที่ มีบทบาทหน้าที่ในการนำนโยบายมาดำเนินงานให้บรรลุวัตถุประสงค์
การสนับสนุนภาคีเครือข่ายมีส่วนร่วมพัฒนาและดำเนินกิจกรรม ตลอดจนการพัฒนาระบบและวิธีปฏิบัติให้มีประสิทธิภาพ สนับสนุนการพัฒนาสมรรถนะและขีดความสามารถของบุคลากร และภาคีเครือข่าย ตลอดจน
ส่งเสริมให้มีการจัดการความรู้ และรวบรวมจัดเก็บบทเรียน ผลงานวิชาการ รวมทั้งเผยแพร่และส่งเสริมการใช้ประโยชน์จากความรู้ดังกล่าว เพื่อเป็นศูนย์กลางองค์ความรู้ขององค์กร
ดำเนินการโดย ภาคีเครือข่าย ซึ่งแม้กฎหมายจะไม่ระบุโดยตรงว่าเป็นโครงสร้างของ สสส. แต่ภาคีเครือข่ายการสร้างเสริมสุขภาพ ถือเป็นผู้ปฏิบัติงานที่แท้จริงของโครงการและกิจกรรมต่างๆ นอกจากนี้ ภาคีเครือข่ายยังมีบทบาทในการร่วมคิด ร่วมเรียนรู้ ร่วมพัฒนาอย่างกัลยาณมิตร และร่วมลงทุนในบางกรณีด้วยเพื่อให้
การดำเนินงานบรรลุตามเป้าหมายซึ่งมีประชาชนเป็นผู้รับประโยชน์สุดท้ายร่วมกัน