“จุดประกาย กระตุ้น สนับสนุน พัฒนา สู่ระบบสุขภาพที่พึงประสงค์”สสส. เป็นหน่วยองค์ประกอบหนึ่งของระบบสุขภาพไทย มีบทบาทหน้าที่ในการจุดประกาย กระตุ้น และสนับสนุนการพัฒนาของระบบสุขภาพให้เป็นไปในทิศทางที่พึงประสงค์ตามวิสัยทัศน์ข้างต้น
สสส. ไม่มีบทบาทหน้าที่ในการเป็นผู้รับผิดชอบปฏิบัติการประจำหรือปฏิบัติการซ้ำซ้อนกับส่วนราชการหรือองค์กรเอกชนใด แต่ สสส. จะดำเนินงานด้วยการส่งเสริมสนับสนุนหน่วยงานต่างๆ ที่รวมเรียกว่า “ภาคี”
สสส. เน้นบทบาทการพัฒนาความเข้มแข็งของระบบสุขภาพในส่วนที่เป็นภาคสังคม ท้องถิ่น และภาคนโยบายสาธารณะ สสส. ไม่มีภารกิจโดยตรงในการให้บริการสุขภาพ แต่อาจสนับสนุนให้การบริหารจัดการระบบบริการสุขภาพสอดรับกับพัฒนาการของภาคสังคม ท้องถิ่น และนโยบายสาธารณะ