การบรรลุถึงสุขภาวะยั่งยืนของคนไทยทั้งชาติตามวิสัยทัศน์ของ สสส. เป็นภารกิจใหญ่หลวงและท้าทายยิ่ง อย่างไรก็ดี ในบรรดาประเด็นการสร้างเสริมสุขภาวะจำนวนมากนั้น สสส. ได้ให้ความสำคัญกับเป้าประสงค์สำคัญต่อไปนี้
สสส.จะจัดการทรัพยากรระดับเข้มข้นเพื่อให้บรรลุผลในการลดปัจจัยเสี่ยงด้านการสูบบุหรี่ ดื่มเครื่องดื่มแอลกอฮอล์ อุบัติเหตุจราจร และการขาดการออกกำลังกาย โดยสนับสนุนหน่วยงานที่รับผิดชอบโดยตรงและภาคีเครือข่าย
พัฒนากลไกที่จำเป็นสำหรับการลดปัจจัยเสี่ยงนอกเหนือจากเป้าประสงค์ ที่ 1 โดย สสส. ลงทุนแต่น้อยในส่วนที่จำเป็นและก่อให้เกิดผลกระทบสูง ได้แก่ ประเด็นเกี่ยวกับอาหาร เพศ จิตใจ สารเสพติด รวมถึงปัจจัยเสี่ยงที่มักเกิดกับกลุ่มประชากรที่มีลักษณะเฉพาะในระดับต่างๆ
พัฒนากระบวนการ ต้นแบบ และกลไกขยายผล สำหรับการพัฒนาสุขภาวะองค์รวมในองค์กร พื้นที่ และกลุ่มเยาวชน เพื่อมุ่งพัฒนาสังคมสุขภาวะในระยะยาว
เพิ่มนวัตกรรมและโอกาสในการสร้างนวัตกรรมเกี่ยวกับการสร้างเสริมสุขภาวะ
สร้างค่านิยมการสร้างเสริมสุขภาวะให้เกิดขึ้นในสังคมไทย สังคมให้ความร่วมมือกับการรณรงค์เพื่อบรรลุเป้าประสงค์อื่นๆ
เพิ่มขีดความสามารถของระบบสุขภาพและระบบบริการสร้างสุขภาวะในรูปแบบชุดความรู้ สมรรถนะบุคลากร และโครงสร้างพื้นฐานที่จำเป็น